実際の残業時間が、設定された残業時間を下回っても、従業員は「みなし残業代」を受け取ることができ、また逆に、「みなし残業代」として設定された一定時間数の残業時間を超えて残業をした場合は、
「みなし残業代」以外に残業代を請求することができます。この「みなし残業代」設定に関しては、給料を減額する不利益変更となる可能性があります。
たとえば、1日8時間、月20日働いており、基本給が18万円だとします。そうすると、変更前の時間給は

   180,000円(基本給)÷（8×20）＝1,125円(時間給)

ということになり、残業１時間ごとに約1,406円の給料が発生していたことになります。 （法定労働時間を参照）
これを、基本給160,000円、みなし残業代20,000円に変更したとします。すると、時間給は

   160,000(基本給)÷（8×20,000）＝1,000円(時間給)

となり、残業代は時間給の25％増しなので、1時間で1,250円ということになります。
「みなし残業代」（固定残業制）というのは、日常的に残業が行われている職場において残業代を固定で支払う、というものです。 すると、この事例では

    20,000÷1,250＝16(時間)

なので、16時間分の残業代はすでに支払っているということになります。 したがって、月の残業時間が16時間を超えた場合に初めて別途残業代が支払われることになります。 そして、その額は上記のとおり、以前より少ない1時間当たり1,250円で計算されることになります。 このように、残業をする場合には、不利益となります。

なお、このような新たな「みなし残業代」設定に関しては、不利益変更が有効となるためには高度の必要性に基づいた合理性が必要になりますので、 会社の言い分が認められない可能性も十分にあります。

なお、「みなし残業代・手当」設定自体が違法なのではないと考えられています(各種裁判例)。 残業代の計算方法については、みなし残業制（固定残業制）で月30時間・40時間・50時間の場合の残業代計算方法もご覧ください。

正確な計算には、法的視点と根拠資料が必要となってきますので、弁護士に御依頼いただくことをおすすめいたします。

この制度のメリットは、会社は労働時間計算の簡略化ができ、従業員は実際の残業時間が設定された残業時間を下回っても「みなし残業代」を受け取ることができることにあります。他方、設定された残業時間を上回った場合には、超過分の残業代は発生しますので、会社は従業員に超過分の残業代を支払わなければなりません。

変形労働時間制の場合でも、所定労働時間を超えた（時間外）労働については当然残業代が発生します。変形労働時間制は残業代が一切発生しなくなる制度ではありません。
また、変形労働時間制が有効であるためには、就業規則等の定めなど一定の要件をクリアーする必要があります。要件をクリアーしていない場合、変形労働時間制は、無効です。その場合、変形労働時間制が定められていない前提で残業代を請求できます。